正式版が来ていたので更新しました。
なんかHTML5もサポートしているようなので、調べてみて何もなければ使おうと思います。
追記
特別問題はなさそうなので、$wgHtml5をtrueに。
とはいっても、実のところこの値は、1.16.0以降デフォルトでtrueになっている。
しかし、後方互換性を維持するために$wgWellFormedXmlっていう、well-formed XMLで吐かせる設定が存在して、これによってdoctypeが異なっていた。
追記2
あることがきっかけで、$wgWellFormedXmlはfalseに。